本日のSNP文献

van West D et al. Glucocorticoid receptor gene-based SNP analysis in patients with recurrent major depression. Neuropsychopharmacology. 2006 Mar;31(3):620-7. PMID: 16192984

うつ病患者においてデキサメサゾン抑制がおこらないことにより、副腎皮質ステロイドシステムにおけるフィードバックの機能不全が示唆されている。そこで著者らはthe glucocorticoid receptor gene (Nuclear Receptor Subfamily 3, Group C, Member 1; NR3C1)におけるSNPsによるwhole gene-based association analysisをおこなった。NR3C1に4つのSNPsを認め、ベルギーとスウェーデンのきちんと診断された患者とコントロールのジェノタイピングを行った。314MDD患者、354コントロールが収集された。ベルギーのサンプルでは、プロモータ領域(NR3C1-1)にて有意なアレル(p=0.02)、ジェノタイプ(p=0.02)の相関を認めた。スウェーデンのサンプルでは、R23K SNPにおけるアレル(p=0.02)、ジェノタイプ(p=0.02)の有意な相関を認めた。ハプロタイプ相関解析では、NR3C1遺伝子の5'領域にMDDに対するgenetic vulnerabilityがあることを認めた。

とのこと、p値はBonferroniに耐えないような気がしますが。

Clinical problem solving (5月4日号)

メモしておきたい点

Hepatic granulomas with sepsis-like presentationsをおこすまれな原因

1. Coxiella burnetii (the cause of Q fever)
   
2. brucellosis, lymphoma
   
3. certain illnesses caused by viruses such as CMV and EBV
   
4. sarcoidosis
   
5. toxoplasmosis
   
6. metastatic cancer
   
7. Wegener's granulomatosis
   
8. Crohn's disease
   
9. hepatitis C
   
10. autoimmune hepatitis
    
11. drug-induced adverse effects

ブルセラは、滅菌されていない乳製品の摂取で獲得される。

レプトスピラは黄疸を起こすが、肝肉芽腫は引き起こさない。

Fibrin-ring granuloma: 通常Q熱と関係するが、CMV、EBV、マイコバクテリウム、リンパ腫、血管炎、発疹チフスでも見られる。肝生検、骨髄生検標本においてのみ見られる所見である。

肝生検は、FUOの15%にて診断確定につながる(Arch Intern Med 2003;163:545-551.)

Q feverの語源は"query fever"である。

Q熱の原因であるC. burnetiiは世界中のさまざまな動物から感染する。また、摂取した食物からも感染するし、蚊を媒介とした感染もありうる。

Q熱の急性感染の症状は、自然寛解するインフルエンザ様症状、無痛性の肝炎、非定型肺炎、長引くFUOである。多臓器不全はまれで、宿主の状況からは予測できない。

慢性Q熱は感染者の1-5%にみられ、6ヶ月以上の持続感染をさし、たいていは心内膜炎を合併している。

phase 1 抗体titer > 1:800は感染を強く示唆し、最低2年間の治療を要する。

自分progression

正規分布の平均値の検定をするときの検出力について納得。右図のような感じ。要するに対立仮説H1の示す分布が帰無仮説H0の棄却域の範囲であるところの面積で、本来H1であるとき、きちんと棄却できた・・・という条件付確率である！

自分Progression

カイ二乗分布の確率密度関数を書いて、グラフを書いてみた。よくわかってきたが、このガンマ関数というのがよくわからん→次の課題。

また、Yatesの補正、Fisherのexact testについて復習。

あいかわらずEMアルゴリズムには手がつけられず。

その一方、ポストゲノム時代の遺伝統計学の勉強のため読んでいたところでBonferroniの補正などについても逐次勉強中。

自分progression

要するにカイ二乗値っていうのは、各パラメータについて、観測度数と理論度数との差をみたい。マイナスになるといやだから差を二乗して、割合のほうが都合がいいから理論度数で割って、全パラメータ分まとめて足したもの。

そこで、母集団の理論度数と、ランダムにサンプリングした集団の観測度数についてカイ二乗値をいっぱい書いてプロットしてみると、カイ二乗分布になるというわけですね。なるほどね。

なんでですか。わかりません。勉強します。

自分Progression

Hardy-Weinberg平衡の適合度検定を、なんとか理解しつつある。要するにchi-squareというものがわかるようになってきた。HW law自体は昔からわかっているので。

今日は本当はD'、r-squareを計算しようと思っていたのだけど、ハプロタイプ頻度の推定をhaplo.statに任せているようでは甘ーい！と思い、やめた。ハプロタイプ頻度がわかっちゃったらほか全部わかるしね。昨日聞いたところでは、multilociでハプロタイプ頻度を推定する必要はない、D'の計算のためには二つのlocusだけを考慮すればよいとのことだった。

ハプロタイプ頻度推定のためのEMアルゴリズムを理解したいがこれは壁が高い、まあがんばろう。

本日のSNP文献

Ingelsson E et al. Adiponectin and risk of congestive heart failure. JAMA. 2006 Apr 19;295(15):1772-4. PMID: 16622137

インスリン抵抗性の存在がうっ血性心不全の独立したリスクファクターであることを報告していたスウェーデン・ウプサラ大学の著者ら(OGTT2hr HR 1.44, 95%CI 1.08-1.93; 空腹時プロインスリンレベル HR 1.29, 95%CI 1.02-1.64; BMI HR 1.35, 95%CI 1.11-1.65; ウエスト周囲径 HR 1.36, 95%CI 1.10-1.69。JAMA 2005; 294: 334. )が、それは根本的にはアディポネクチンと相関しているのでは？というチュービンゲン大学のグループの指摘を受け行ったスタディ。アディポネクチン濃度とCHF発症の相関はなく(HR 0.90, 95%CI 0.72-1.13)、ADIPQ遺伝子の10個のSNPそれぞれやそのハプロタイプとCHFの相関もみられなかった・・・とのこと。逆ギレみたいなresearch letterだな。

Journal Watchのさらにサマリー

Lancet 2006 Apr 1; 367:1057-65.　アリセプトが、重度のアルツハイマーでも有意な認知機能の改善をもたらした。


N Engl J Med 2006 Apr 13; 354:1589-600.　喘息にケテックが症状スコアを改善、PEFには有意差なし。


Arch Intern Med 2006 Mar 27; 166:635-9.　抗生剤の使い方が世界で二番目にへたくそと呼ばれるアメリカ（一番は日本）。合併症のない膀胱炎に対する使用抗生剤の検討によると、キノロン44%、サルファ剤30%だったとのこと。たぶんヨーロッパに行くとさらにキノロン↓、サルファ↑、日本に行くとキノロン↑、サルファ↓となるのでしょうなあ。


Pediatrics 2006 Apr; 117:1018-27.　青年の早期の性交開始のリスクファクターは、性的に露骨なメディア、同級生の性的規範が許容的であること。逆にprotectiveな因子は、親が否定的である、親が子供と行動をともにしがちである、成績が優秀である、ことだそうな。


BMJ 2006 Mar 25; 332:696-700.　台湾のスタディ。指圧は、理学療法と比べ、腰痛を有意に改善する。


Arch Intern Med 2006 Mar 27; 166:640-4.　細菌性咽頭炎の治療方針について。4つの理学所見（BT>38℃、扁桃滲出物、圧痛のある頚部リンパ節腫大、咳や鼻炎がない）のうち二つを満たす患者全例でGABHS迅速検査の結果に従い抗生剤を投与することが、もっとも過剰投与を抑制し費用対効果が高かった。


続きはまた気が向いたら。

本日のSNP文献

Gu D et al. Association Study With 33 Single-Nucleotide Polymorphisms in 11 Candidate Genes for Hypertension in Chinese. Hypertension. 2006 Apr 24; [Epub ahead of print] PMID: 16636198

中国ヒトゲノムセンターのグループの報告。503人の本態性高血圧患者と490人のコントロールについて、11の候補遺伝子上の33SNPをdiscoveryしたCandidate-gene study。TH*rs2070762, ADRB2*Q27E, and GRK4*A486Vという三つの多型との相関が認められた。

本日のSNP文献

Ann Hum Genet(IF 2.680:2004) 2006 Mar;70(Pt 2):254-61.

スウェーデン王立カロリンスカ研究所のIle MMという人が、tag SNPの精度を評価する 方法を報告。よくわからない。

Pasanen MK et al. Frequencies of single nucleotide polymorphisms and haplotypes of organic anion transporting polypeptide 1B1 SLCO1B1 gene in a Finnish population. Eur J Clin Pharmacol 2006 Apr 21; [Epub ahead of print] PMID: 16628434

フィンランド人における、肝細胞のもつ薬物輸送体Organic anion transporting polypeptide 1B1(OATP1B1)をコードするSLCO1B1遺伝子のTaqman法によるSNPアッセイ。ハプロタイプのバリエーションが豊富だと言っている。だから？