自分Progression

Hardy-Weinberg平衡の適合度検定を、なんとか理解しつつある。要するにchi-squareというものがわかるようになってきた。HW law自体は昔からわかっているので。

今日は本当はD'、r-squareを計算しようと思っていたのだけど、ハプロタイプ頻度の推定をhaplo.statに任せているようでは甘ーい！と思い、やめた。ハプロタイプ頻度がわかっちゃったらほか全部わかるしね。昨日聞いたところでは、multilociでハプロタイプ頻度を推定する必要はない、D'の計算のためには二つのlocusだけを考慮すればよいとのことだった。

ハプロタイプ頻度推定のためのEMアルゴリズムを理解したいがこれは壁が高い、まあがんばろう。