要するにカイ二乗値っていうのは、各パラメータについて、観測度数と理論度数との差をみたい。マイナスになるといやだから差を二乗して、割合のほうが都合がいいから理論度数で割って、全パラメータ分まとめて足したもの。
そこで、母集団の理論度数と、ランダムにサンプリングした集団の観測度数についてカイ二乗値をいっぱい書いてプロットしてみると、カイ二乗分布になるというわけですね。なるほどね。
なんでですか。わかりません。勉強します。
Friday, April 28, 2006
自分Progression
Hardy-Weinberg平衡の適合度検定を、なんとか理解しつつある。要するにchi-squareというものがわかるようになってきた。HW law自体は昔からわかっているので。
今日は本当はD'、r-squareを計算しようと思っていたのだけど、ハプロタイプ頻度の推定をhaplo.statに任せているようでは甘ーい！と思い、やめた。ハプロタイプ頻度がわかっちゃったらほか全部わかるしね。昨日聞いたところでは、multilociでハプロタイプ頻度を推定する必要はない、D'の計算のためには二つのlocusだけを考慮すればよいとのことだった。
ハプロタイプ頻度推定のためのEMアルゴリズムを理解したいがこれは壁が高い、まあがんばろう。
今日は本当はD'、r-squareを計算しようと思っていたのだけど、ハプロタイプ頻度の推定をhaplo.statに任せているようでは甘ーい！と思い、やめた。ハプロタイプ頻度がわかっちゃったらほか全部わかるしね。昨日聞いたところでは、multilociでハプロタイプ頻度を推定する必要はない、D'の計算のためには二つのlocusだけを考慮すればよいとのことだった。
ハプロタイプ頻度推定のためのEMアルゴリズムを理解したいがこれは壁が高い、まあがんばろう。
Thursday, April 27, 2006
本日のSNP文献
Ingelsson E et al. Adiponectin and risk of congestive heart failure. JAMA. 2006 Apr 19;295(15):1772-4. PMID: 16622137
インスリン抵抗性の存在がうっ血性心不全の独立したリスクファクターであることを報告していたスウェーデン・ウプサラ大学の著者ら(OGTT2hr HR 1.44, 95%CI 1.08-1.93; 空腹時プロインスリンレベル HR 1.29, 95%CI 1.02-1.64; BMI HR 1.35, 95%CI 1.11-1.65; ウエスト周囲径 HR 1.36, 95%CI 1.10-1.69。JAMA 2005; 294: 334. )が、それは根本的にはアディポネクチンと相関しているのでは？というチュービンゲン大学のグループの指摘を受け行ったスタディ。アディポネクチン濃度とCHF発症の相関はなく(HR 0.90, 95%CI 0.72-1.13)、ADIPQ遺伝子の10個のSNPそれぞれやそのハプロタイプとCHFの相関もみられなかった・・・とのこと。逆ギレみたいなresearch letterだな。
インスリン抵抗性の存在がうっ血性心不全の独立したリスクファクターであることを報告していたスウェーデン・ウプサラ大学の著者ら(OGTT2hr HR 1.44, 95%CI 1.08-1.93; 空腹時プロインスリンレベル HR 1.29, 95%CI 1.02-1.64; BMI HR 1.35, 95%CI 1.11-1.65; ウエスト周囲径 HR 1.36, 95%CI 1.10-1.69。JAMA 2005; 294: 334. )が、それは根本的にはアディポネクチンと相関しているのでは？というチュービンゲン大学のグループの指摘を受け行ったスタディ。アディポネクチン濃度とCHF発症の相関はなく(HR 0.90, 95%CI 0.72-1.13)、ADIPQ遺伝子の10個のSNPそれぞれやそのハプロタイプとCHFの相関もみられなかった・・・とのこと。逆ギレみたいなresearch letterだな。
Wednesday, April 26, 2006
Journal Watchのさらにサマリー
Lancet 2006 Apr 1; 367:1057-65. アリセプトが、重度のアルツハイマーでも有意な認知機能の改善をもたらした。
N Engl J Med 2006 Apr 13; 354:1589-600. 喘息にケテックが症状スコアを改善、PEFには有意差なし。
Arch Intern Med 2006 Mar 27; 166:635-9. 抗生剤の使い方が世界で二番目にへたくそと呼ばれるアメリカ（一番は日本）。合併症のない膀胱炎に対する使用抗生剤の検討によると、キノロン44%、サルファ剤30%だったとのこと。たぶんヨーロッパに行くとさらにキノロン↓、サルファ↑、日本に行くとキノロン↑、サルファ↓となるのでしょうなあ。
Pediatrics 2006 Apr; 117:1018-27. 青年の早期の性交開始のリスクファクターは、性的に露骨なメディア、同級生の性的規範が許容的であること。逆にprotectiveな因子は、親が否定的である、親が子供と行動をともにしがちである、成績が優秀である、ことだそうな。
BMJ 2006 Mar 25; 332:696-700. 台湾のスタディ。指圧は、理学療法と比べ、腰痛を有意に改善する。
Arch Intern Med 2006 Mar 27; 166:640-4. 細菌性咽頭炎の治療方針について。4つの理学所見（BT>38℃、扁桃滲出物、圧痛のある頚部リンパ節腫大、咳や鼻炎がない）のうち二つを満たす患者全例でGABHS迅速検査の結果に従い抗生剤を投与することが、もっとも過剰投与を抑制し費用対効果が高かった。
続きはまた気が向いたら。
N Engl J Med 2006 Apr 13; 354:1589-600. 喘息にケテックが症状スコアを改善、PEFには有意差なし。
Arch Intern Med 2006 Mar 27; 166:635-9. 抗生剤の使い方が世界で二番目にへたくそと呼ばれるアメリカ（一番は日本）。合併症のない膀胱炎に対する使用抗生剤の検討によると、キノロン44%、サルファ剤30%だったとのこと。たぶんヨーロッパに行くとさらにキノロン↓、サルファ↑、日本に行くとキノロン↑、サルファ↓となるのでしょうなあ。
Pediatrics 2006 Apr; 117:1018-27. 青年の早期の性交開始のリスクファクターは、性的に露骨なメディア、同級生の性的規範が許容的であること。逆にprotectiveな因子は、親が否定的である、親が子供と行動をともにしがちである、成績が優秀である、ことだそうな。
BMJ 2006 Mar 25; 332:696-700. 台湾のスタディ。指圧は、理学療法と比べ、腰痛を有意に改善する。
Arch Intern Med 2006 Mar 27; 166:640-4. 細菌性咽頭炎の治療方針について。4つの理学所見（BT>38℃、扁桃滲出物、圧痛のある頚部リンパ節腫大、咳や鼻炎がない）のうち二つを満たす患者全例でGABHS迅速検査の結果に従い抗生剤を投与することが、もっとも過剰投与を抑制し費用対効果が高かった。
続きはまた気が向いたら。
本日のSNP文献
Gu D et al. Association Study With 33 Single-Nucleotide Polymorphisms in 11 Candidate Genes for Hypertension in Chinese. Hypertension. 2006 Apr 24; [Epub ahead of print] PMID: 16636198
中国ヒトゲノムセンターのグループの報告。503人の本態性高血圧患者と490人のコントロールについて、11の候補遺伝子上の33SNPをdiscoveryしたCandidate-gene study。TH*rs2070762, ADRB2*Q27E, and GRK4*A486Vという三つの多型との相関が認められた。
中国ヒトゲノムセンターのグループの報告。503人の本態性高血圧患者と490人のコントロールについて、11の候補遺伝子上の33SNPをdiscoveryしたCandidate-gene study。TH*rs2070762, ADRB2*Q27E, and GRK4*A486Vという三つの多型との相関が認められた。
Tuesday, April 25, 2006
本日のSNP文献
Ann Hum Genet(IF 2.680:2004) 2006 Mar;70(Pt 2):254-61.
スウェーデン王立カロリンスカ研究所のIle MMという人が、tag SNPの精度を評価する 方法を報告。よくわからない。
Pasanen MK et al. Frequencies of single nucleotide polymorphisms and haplotypes of organic anion transporting polypeptide 1B1 SLCO1B1 gene in a Finnish population. Eur J Clin Pharmacol 2006 Apr 21; [Epub ahead of print] PMID: 16628434
フィンランド人における、肝細胞のもつ薬物輸送体Organic anion transporting polypeptide 1B1(OATP1B1)をコードするSLCO1B1遺伝子のTaqman法によるSNPアッセイ。ハプロタイプのバリエーションが豊富だと言っている。だから？
スウェーデン王立カロリンスカ研究所のIle MMという人が、tag SNPの精度を評価する 方法を報告。よくわからない。
Pasanen MK et al. Frequencies of single nucleotide polymorphisms and haplotypes of organic anion transporting polypeptide 1B1 SLCO1B1 gene in a Finnish population. Eur J Clin Pharmacol 2006 Apr 21; [Epub ahead of print] PMID: 16628434
フィンランド人における、肝細胞のもつ薬物輸送体Organic anion transporting polypeptide 1B1(OATP1B1)をコードするSLCO1B1遺伝子のTaqman法によるSNPアッセイ。ハプロタイプのバリエーションが豊富だと言っている。だから？
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