本日のSNP文献

van West D et al. Glucocorticoid receptor gene-based SNP analysis in patients with recurrent major depression. Neuropsychopharmacology. 2006 Mar;31(3):620-7. PMID: 16192984

うつ病患者においてデキサメサゾン抑制がおこらないことにより、副腎皮質ステロイドシステムにおけるフィードバックの機能不全が示唆されている。そこで著者らはthe glucocorticoid receptor gene (Nuclear Receptor Subfamily 3, Group C, Member 1; NR3C1)におけるSNPsによるwhole gene-based association analysisをおこなった。NR3C1に4つのSNPsを認め、ベルギーとスウェーデンのきちんと診断された患者とコントロールのジェノタイピングを行った。314MDD患者、354コントロールが収集された。ベルギーのサンプルでは、プロモータ領域(NR3C1-1)にて有意なアレル(p=0.02)、ジェノタイプ(p=0.02)の相関を認めた。スウェーデンのサンプルでは、R23K SNPにおけるアレル(p=0.02)、ジェノタイプ(p=0.02)の有意な相関を認めた。ハプロタイプ相関解析では、NR3C1遺伝子の5'領域にMDDに対するgenetic vulnerabilityがあることを認めた。

とのこと、p値はBonferroniに耐えないような気がしますが。

Clinical problem solving (5月4日号)

メモしておきたい点

Hepatic granulomas with sepsis-like presentationsをおこすまれな原因

1. Coxiella burnetii (the cause of Q fever)
   
2. brucellosis, lymphoma
   
3. certain illnesses caused by viruses such as CMV and EBV
   
4. sarcoidosis
   
5. toxoplasmosis
   
6. metastatic cancer
   
7. Wegener's granulomatosis
   
8. Crohn's disease
   
9. hepatitis C
   
10. autoimmune hepatitis
    
11. drug-induced adverse effects

ブルセラは、滅菌されていない乳製品の摂取で獲得される。

レプトスピラは黄疸を起こすが、肝肉芽腫は引き起こさない。

Fibrin-ring granuloma: 通常Q熱と関係するが、CMV、EBV、マイコバクテリウム、リンパ腫、血管炎、発疹チフスでも見られる。肝生検、骨髄生検標本においてのみ見られる所見である。

肝生検は、FUOの15%にて診断確定につながる(Arch Intern Med 2003;163:545-551.)

Q feverの語源は"query fever"である。

Q熱の原因であるC. burnetiiは世界中のさまざまな動物から感染する。また、摂取した食物からも感染するし、蚊を媒介とした感染もありうる。

Q熱の急性感染の症状は、自然寛解するインフルエンザ様症状、無痛性の肝炎、非定型肺炎、長引くFUOである。多臓器不全はまれで、宿主の状況からは予測できない。

慢性Q熱は感染者の1-5%にみられ、6ヶ月以上の持続感染をさし、たいていは心内膜炎を合併している。

phase 1 抗体titer > 1:800は感染を強く示唆し、最低2年間の治療を要する。

自分progression

正規分布の平均値の検定をするときの検出力について納得。右図のような感じ。要するに対立仮説H1の示す分布が帰無仮説H0の棄却域の範囲であるところの面積で、本来H1であるとき、きちんと棄却できた・・・という条件付確率である！

自分Progression

カイ二乗分布の確率密度関数を書いて、グラフを書いてみた。よくわかってきたが、このガンマ関数というのがよくわからん→次の課題。

また、Yatesの補正、Fisherのexact testについて復習。

あいかわらずEMアルゴリズムには手がつけられず。

その一方、ポストゲノム時代の遺伝統計学の勉強のため読んでいたところでBonferroniの補正などについても逐次勉強中。